Các tuyến đường sắt khổ hẹp không thể hoán đổi thiết bị một cách tự do như các toa xe hàng hoá và hành khách với các tuyến khổ tiêu chuẩn hay khổ rộng và chúng kết nối, trừ khi chúng được đổi đổi bánh. Điều này có nghĩa rằng những tuyến khổ hẹp có một chi phí đã được tính trước cho việc chuyển hành khách và hàng hoá tới hệ thống đường sắt chính. Chi phí chuyển có thể đòi hỏi một nguồn tài chính lớn của một tuyến đường bởi nó đắt đỏ và cần nhiều thời gian nhân công hay chi phí tư bản. Một số loại hàng rời như than, quặng và sỏi, có thể được chuyển bằng cơ khí, nhưng nó vẫn đòi hỏi thời gian và các thiết bị cơ khí thường khá phức tạp để duy trì.

Một giải pháp cho vấn đề chuyển hàng là đổi bánh của các toa xe. Một giải pháp khác với vấn đề này là hệ thống roll-block. Dù đã được phát triển thành công tại một số quốc gia như Đức và Áo, kỹ thuật này xuất hiện quá muộn cho đa số các tuyến đường khổ hẹp. Việc chuyển bằng container cũng là một lựa chọn.

Vấn đề trao đổi hàng và hành khách không nghiêm trọng với những vùng có một hệ thống các tuyến đường sắt khổ hẹp lớn, như bắc Tây Ban Nha, và không tồn tại tại các quốc gia mà ở đó đường sắt khổ hẹp là tiêu chuẩn, ví dụ khổ Cape ở New Zealand, Nam Phi và bang đảo Tasmania của Australia hay khổ mét ở Malaysia và Thái Lan. Tất nhiên, nó vẫn tồn tại với những tuyến đường có khổ khác với khổ ưu thế tại các quốc gia đó.

Vấn đề trao đổi hàng hoá và hành khách nghiêm trọng hơn ở Bắc Mỹ bởi một hệ thống trao đổi hàng trên khắp lục địa đã được phát triển. Tất cả các tuyến đường sắt khỏo tiêu chuẩn ở Bắc Mỹ sử dụng cùng bộ nối tiêu chuẩn và phanh hơi, có nghĩa các toa xe chở hàng có thể được chuyển đổi tự do giữa các tuyến đường từ Bắc Canada tới Nam Mexico. Các tuyến đường sắt cần nhiều toa chở hàng hơn có thể đơn giản mượn nó từ các tuyến khác trong những giai đoạn cao điểm, trong khi các công ty đường sắt sở hữu toa xe nhận được các khoản tiền chi trả cho chúng với giá được đặt ra theo thoả thuận chung. Thời kỳ đỉnh cao nhu cầu, đặc biệt cho việc chuyên chở ngũ cốc, diễn ra ở những vùng khác nhau ở Bắc Mỹ vào những thời điểm khác nhau, vì thế các toa chở hàng có thể được đưa đi lại trên khắp lục địa tới bất kỳ nơi nào cần chúng. Đầu máy cũng có thể được trao đổi, thỉnh thoảng dẫn tới việc các đầu máy của Mexico kéo các toa hàng của Canada và ngược lại.

Các tuyến đường sắt khổ hẹp không thể tham gia vào hệ thống này, có nghĩa chúng thường phải sở hữu gấp nhiều lần số toa xe hơn các tuyến đường khổ tiêu chuẩn, và chúng không nhận được bất kỳ đồng tiền nào cho số thiết bị dư thừa trong những giai đoạn có nhu cầu thấp. Những vấn đề này cũng xuất hiện với những tuyến đường sắt với một khổ lớn hơn khổ tiêu chuẩn của vùng, nhưng tất cả các tuyến đường sắt khổ lớn ở Bắc Mỹ đã được chuyển lại theo khổ tiêu chuẩn năm 1910, (xem Khổ đường sắt ở Bắc Mỹ). Bởi hầu hết các tuyến đường sắt khổ hẹp không có tính kinh tế để phát triển, làm gia tăng chi phí và giảm lợi nhuận cuối cùng đã khiến hầu như toàn bộ các tuyến đường khổ hẹp ở Bắc Mỹ hoặc bị phá sản hoặc bị chuyển theo khổ tiêu chuẩn. Trong nhiều trường hợp, các tuyến đường sắt lớn hơn trợ cấp cho việc chuyển đổi theo khổ tiêu chuẩn.

Một vấn đề khác với đường sắt khổ hẹp là chúng thiếu không gian để phát triển - chi phí xây dựng thấp đồng nghĩa với việc giá thành xây dựng chỉ đáp ứng cho nhu cầu vận tải ban đầu. Trong khi một tuyến đường sắt khổ tiêu chuẩn hay khổ lớn có thể dễ dàng được nâng cấp và thực hiện việc chở hàng nặng hơn, với tốc độ nhanh hơn, nhiều tuyến đường khổ hẹp không thể được cải tiến. Tốc độ và tải trọng không thể được gia tăng, vì thế mật độ giao thông bị giới hạn rất nhiều.

Các tuyến đường sắt khổ hẹp có thể được xây dựng để giải quyết sự gia tăng tốc độ và chất tải, nhưng với giá thành khiến hầu hết những ưu thế của nó với đường sắt khổ hẹp hay khổ lớn không còn nữa.